El gabinete de Prehistoria tiene como objetivo principal el estudio de los materiales arqueológicos procedentes de proyectos de investigación y de las actividades arqueológicas que se desarrollan los miembros de esta área de conocimiento.

Del mismo modo,  los gabinetes son lugares destinados al desarrollo de las actividades de investigación, punto de encuentro y de intercambio de ideas entre especialistas de diversas disciplinas. En este sentido, el carácter interdisciplinar del área, permite llevar a cabo líneas de investigación transversales:

• Ocupación humana, tecnología de las sociedades cazadoras-recolectoras paleolíticas y tribales neolíticas en la región geohistórica del Estrecho de Gibraltar.
• Recursos líticos utilizados por las sociedades prehistóricas en la región geohistórica del Estrecho de Gibraltar.
• Estudio de materiales arqueológicos prehistóricos (Museo de El Puerto de Santa María).
• Estudio de los inicios de las desigualdades sociales en la Prehistoria.
• Extinción de plantas y animales en la provincia de Cádiz durante el Holoceno.
• Estudios sobre parentesco y movilidad de las sociedades neolíticas en base a los análisis de isótopos estables y ADN.
• Las sociedades del Paleolítico.
• Las manifestaciones funerarias y simbólicas de la Prehistoria Reciente en el extremo sur de la Península Ibérica
• Arqueología funeraria en la Prehistoria.
• Topografía y evolución de la ciudad fenicio-púnica.
• La colonización fenicia en el Mediterráneo a la luz de las nuevas investigaciones.
• Arqueometría de materiales líticos.

En otro orden de cosas, los gabinetes son del mismo modo espacios de formación universitaria, donde los alumnos pueden llevar a cabo sus colaboraciones y prácticas con el profesorado.